微生物除臭技術包括生物濾池除臭和微生物菌劑除臭。

生物濾池除臭技術是利用可以分解惡臭成分的微生物構建生物濾池，對大量的或特殊的惡臭進行集中處理。可以應用于垃圾分檢場、垃圾壓縮轉運站、糞便處理廠、禽畜養殖廠和處理廠等惡臭嚴重的場所除臭。也可以用于具有特殊惡臭氣體發生的工廠、車間。

目前，針對畜禽糞便惡臭脫除研究可分為化學除臭和生物除臭兩大方面，化學除臭原理是通過外源強氧化物質對惡臭成份進行氧化降解，近而消除惡臭，其雖針對性強，見效快，但其應用范圍小且易引起二次污染。生物除臭原理是通過外源功能菌種或生物酶對惡臭的直接降解或對產惡臭微生物的抑制來脫除惡臭。生物除臭能持久消除惡臭，無二次污染，使用方便，成本低廉等特點，成為惡臭控制的研究熱點。

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微生物除臭劑含有多種分解能力強的菌株，各個菌株之間存在共生關系，形成一個功能群體，有益微生物有效抑制菌的分解而轉向發酵分解，產生的有機酸類物質能對N、S氧化物進行降解(分解)吸收和固定。

惡臭是垃圾、糞便、污水等污染物中含有的乙醇、硫醇、硫醚、酚、甲酚、吲哚、脂肪酸、乙醛、酮、二硫化碳、氨和胺等物質散發出來的。這些物質恰恰可以被特定的微生物作為營養來源，微生物在攝取這些物質后，經自身的物理化學作用，將它們分解轉化為無臭物質。

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